感染后潜伏期长短不一，短则1年，长则数年甚至10多年(平均4.5年)，全身有持续性发热，盗汗，腹泻，消瘦，淋巴结肿大，TH细胞减少，TH细胞与TS细胞比值倒置，由于细胞免疫功能低下，患者对无害的条件致病微生物呈高度易感性，发生多脏器，多系统感染并伴发恶性肿瘤。
据文献报道，AIDS有40%～92.3%并发眼部病变，其中眼底损害更为多见。
眼底损害，可发生于HIV感染本身，亦可发生于条件致病微生物的继发感染。
由HIV感染本身所致者主要表现为棉绒状斑，大多位于眼底后部血管弓附近或视盘周围的视网膜浅层，1个或多个，悄然出现，在4～6周内自行消失，继而在不同部位再发生新病灶，棉绒状斑为视网膜毛细血管前动脉炎症性阻塞，引起神经纤维层局灶性缺血，缺氧，轴浆流阻滞，神经纤维水肿变性而形成，FFA在白斑相应处(包括已消失处)为无灌注区(filling defect)，有时还可见到眼底后极部火焰状出血及有白色中心的出血斑，黄斑中心凹周围毛细血管闭塞，亦可导致黄斑水肿渗出，出现沿Henle纤维排列的放射状微囊样皱褶和星芒状斑， HIV形成不可逆转的免疫缺陷，从而引起各种条件致病微生物(病毒，细菌，真菌，原虫)感染性眼底疾病，如巨细胞病毒性视网膜炎，弓形虫性视网膜脉络膜炎，真菌(念珠菌，隐球菌等)性脉络膜视网膜炎，鸟型分枝杆菌性脉络膜视网膜炎等。
巨细胞病毒性视网膜炎(cytomegalovirus retinitis)在AIDS患者中发病率高达12%～46%(此外见于恶性肿瘤及脏器移植后应用免疫抑制药的患者)，通常见于病程晚期，但也可先于全身其他病变出现之前，开始时，进展缓慢，对中心视力无明显损害，患者往往并无感觉，或仅有飞蚊症，检眼镜下见到周边眼底或后极部血管弓附近有境界模糊，黄白色散在的颗粒状或灰白色絮样混浊，逐渐扩大融合，视网膜广泛性水肿，渗出及火焰状出血，黄斑星芒状斑，使眼底呈碎乳酪与番茄酱样。
弓形虫视网膜脉络膜炎(toxoplasmic retinochoroiditis)是因弓体原虫经后短睫状动脉进入脉络膜视网膜，或自脑脊液而到达视盘附近，眼底表现与一般后天性弓形虫性脉络膜视网膜炎相同，但炎症反应急剧，常因房水，玻璃体混浊而不能满意透见眼底。
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