临床诊断中大多数乳头状腺瘤经直肠指检，直肠镜或结肠镜检发现，由于腺瘤很软，而直肠指诊时腺瘤很软，需仔细检查，否则容易被忽略。
发现乳头状腺瘤要进行仔细扪诊全腺瘤，质地均匀而很软的，属良性结构的可能性较大，扪及乳头状腺瘤有小结节及质硬者须高度警惕癌变的可能，扪诊检查乳头状腺瘤有否癌变的早期诊断有一定的可行性，扪诊不十分清楚的乳头状腺瘤可经直肠镜，乙状结肠镜及结肠纤维窥镜检诊，为确定肿瘤有无癌变可能，须在腺瘤表面及基底不同部位采取组织做活检。
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