病因迄今未明。大部分患者有发病诱因，如精神刺激、过度劳累、长期服药或手术等，其与胃及十二指肠溃疡的诱因有相似之处。全消化道息肉病可能与炎症有关，因小肠内细菌繁殖，缺乏迟发型免疫反应，血浆免疫球蛋白IgM值降低，而免疫球蛋白IgA值正常。免疫荧光检查显示小肠产生IgA的细施减少，而产生IgG的细胞却增多，可能与细菌或病毒感染有关。由于小肠二糖酶(disaccharidase)缺乏，细菌可使肠道内停留较久的碳水化合物转变为短链脂肪酸，并因其渗透压作用而引起腹泻。
疾病可分4型：I型：以腹泻为初发症状;Ⅱ型：在全部症状出现之前，先有味觉异常;Ⅲ型：初发症状为毛发脱落、爪甲萎缩;Ⅳ型：先有食欲不振、全身倦怠，继之出现爪甲萎缩、毛发脱落和味觉异常，但无腹泻。
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