治疗原则与肾结核相同，前列腺及精囊结核一般采取全身及药物治疗。生殖系结核药物治疗效果较好，治疗时间可酌情缩短，早期附睾结核药物治疗即可治愈，并不都需要做手术切除。如果局部干酪样坏死严重，侵犯了睾丸，病变较大并有脓肿形成或药物治疗效果不明显，则可行附睾切除。若睾丸有病变，病变靠近附睾，则可连同附睾将睾丸部分切除。术时应尽量保留睾丸。为了手术的简便，睾丸尚正常时，即将睾丸附睾一并切除是错误的。附睾切除后，精囊和前列腺结核多能逐渐愈合。如果手术前精液检查无精子，说明对侧输精管远端已有病变并有蔓延到附睾的可能，故应予以结扎，防止对侧附睾睾丸发生病变，如果对侧输精管通畅，则可不作处理，依靠药物治疗。
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