机体因自身稳定作用被破坏而出现针对自身组织成分的抗体(或细胞)介导免疫，又称自身变态反应，其发生的原因有：
①出现了新抗原或释放出原来隐蔽的隔绝抗原，免疫系统未耐受，一旦接触(如由于创伤引起释放)，即产生免疫应答，如在青春期前尚未形成的精子，病毒感染或恶性转化后形成的新抗原;
②机体正常成分发生某些改变后，暴露出的新抗原决定簇刺激免疫系统引起自身免疫，例如，抗体由于与抗原结合而变形扭转，暴露出一些在结合前并未显现的氨基酸序列(可以作为抗原决定簇)，从而刺激机体产生针对自身成分的抗体，补体系统中的某些成分也可如此，这种方式形成的抗体几乎只能与变形抗体或补体所暴露的决定簇起反应，类风湿性关节炎特有的类风湿因子就是针对改变了的免疫球蛋白的对应抗体;③由于交叉反应抗原的免疫作用，也可刺激机体产生针对自身的免疫应答，这些交叉反应抗原可以有某些与自身成分一样的抗原决定簇。例如，某些株链球菌引起感染(风湿热)后，可出现针对心肌及心内膜的抗体。
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