小肠憩室因其开口大，引流好，常无症状，空肠憩室约60%无症状，多在行上消化道造影时发现，有时可表现为轻度消化不良的症状，恶心，饭后上腹部不适，胀满，肠鸣或胀气，但这都不是特异的症状，常在发生并发症以后才诊断出小肠憩室，憩室的并发症有憩室炎，出血，穿孔或梗阻;尤其是空肠憩室，可导致盲襻综合征，引起吸收障碍和巨细胞性贫血。
憩室炎常由异物或结石引起，可有急性发作，但很少能诊断，穿孔较少见，末段回肠憩室穿孔可被误诊为阑尾穿孔，穿孔后可形成局限性脓肿，肠内瘘或弥漫性腹膜炎，出血是较为常见的并发症，多为小量慢性出血，反复发作的大出血少见，常需急症手术，但往往误为溃疡病出血，术中探查应注意寻找有无小肠憩室，认真确定出血的来源，合并肠梗阻时则有阵发性腹部绞痛等症状，肠梗阻可由憩室所在的肠襻扭转，套叠所引起，憩室成为套叠的起始部，也可由憩室炎或穿孔后形成的炎性粘连所引起，也常需手术治疗，此外，憩室也有合并气囊肿，恶变的报道。
小肠憩室病还可引起盲襻综合征，而有吸收障碍，出现慢性腹泻，脂肪性腹泻，贫血，营养不良，体重下降等，有报道在小肠憩室病中吸收不良综合征的发生率高达50%，正常人空腹时，空肠是无菌的，而在空肠憩室病时，可培养出多种细菌，当小肠正常的蠕动受到干扰时，食物停滞，不能向远侧快速持续移动，肠内细菌就会繁殖;憩室内容物的流动性也差，食糜积存，腐败，为细菌增殖提供了良好条件，小肠内细菌过度繁殖就可产生慢性腹泻，脂肪泻，吸收障碍，营养不良，贫血等，发生脂肪泻主要与胆盐有关，增殖的细菌几乎可将全部肠内的结合胆盐分解成非结合胆盐，缺乏结合胆盐，脂类不能形成细小的微胶粒状态，而脂肪只有形成微胶粒才能溶于水，才容易被小肠绒毛络住，吸收入上皮细胞，非结合胆盐对脂肪没有这种作用，使脂肪不能被吸收而产生脂肪泻，同时，细菌对脂肪酸作用的产物还可造成病人水泻，发生水和电解质的代谢紊乱，一部分慢性腹泻病人，可表现出周围神经症状或合并肌病，小肠内细菌过度繁殖，对碳水化物正常代谢也有干扰，对蛋白的吸收也有影响，或者是细菌利用了食物中的蛋白，因此病人可合并低蛋白血症，细菌过度生长还影响了维生素的吸收，尤其是维生素B12，维生素B12吸收障碍，可能不是肠黏膜吸收功能受到细菌毒素的抑制，而是维生素B12都被细菌所利用，有的实验研究表明，甚至当维生素B12和内因子结合时，细菌也可以竞争，夺取维生素B12，因此小肠憩室病可合并巨幼红细胞性贫血。
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