本病是一种多器官损害的疾病，主要影响肝，脾和肾，潜伏期3～18天，临床主要表现为突起发病，有发热，剧烈头痛，肌肉关节酸痛，时而有腹痛，发病2～3天可出现恶心，呕吐，腹痛，腹泻黏液便或血便，腹泻可持续数天，病程4～5天进入极期，发热持续，出现意识变化，如谵妄，嗜睡，此期出血常见，可有呕血，黑便，注射部位出血，鼻出血，咯血等，孕妇出现流产和产后大出血，病程6～7天可在躯干出现麻疹样斑丘疹并扩散至全身各部，数天后脱屑，以肩部，手心，脚掌多见，重症患者常因出血，肝，肾衰竭或严重的并发症死于病程第8～9天，非重症患者，发病后2周逐渐恢复，大多数患者出现非对称性关节痛，可呈游走性，以累及大关节为主，部分患者出现肌痛，乏力，化脓性腮腺炎，听力丧失或耳鸣，眼结膜炎，单眼失明，葡萄膜炎等迟发损害，另外，还可因病毒持续存在于精液中，引起睾丸炎，睾丸萎缩等，急性期并发症有心肌炎，肺炎等。
EHF暴发流行中有部分无症状感染者，血清存在EBOV IgG，无症状感染者在流行病学上的意义不大，其病毒水平低，感染后在短期内被机体有效的免疫应答清除，炎症反应可于2～3天内迅速消失，从而避免了发热和组织脏器的损伤。
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