基底细胞癌源于皮肤或附件尤其是毛囊的基底细胞，是一种低度恶性肿瘤，附属器肿瘤由原始上皮胚芽细胞发育而来，本病为分化最高的恶性附属器肿瘤，多见于面色较淡的人及头面等曝光部位，说明长期日晒与本病的发病密切有关，其他如砷剂，大剂量X线照射，煤焦油衍生物，烧伤，瘢痕和慢性炎症(窦道，小腿溃疡，汗腺炎等)均为本病发病的危险因素，免疫减弱的患者，可能由于细胞中介免疫受损和增加对致瘤病毒的易感性，增加了发生基底细胞癌的危险性，患者的免疫系统影响着此肿瘤的发病机制和预后，环境中的致癌因子如致癌病毒，可被伴随着的免疫抑制所加强，器官移植的患者发生基底细胞癌比正常人高10倍以上，而在这些损害里发现疱疹病毒样DNA序列，某些组织学类型在免疫抑制患者中更多见如硬皮病样基底细胞癌，在免疫抑制患者中，要比结节溃疡型基底细胞癌常见，表浅型基底细胞癌则多见于糖尿病和(或)慢性肾功衰竭以及感染HIV的患者，某些遗传病如白化病，色素性干皮病，Rasmussen综合征，Rombo综合征，Bazax综合征和Darier病，使基底细胞癌的发病率增高。
本病的发生多与暴露部位的皮肤受外界因素刺激损害有关：
1.日光长期暴晒 本病好发于头皮，面部等暴露部位并多见于户外工作者，即是证明，因日光中的紫外线侵害人体，会导致细胞内DNA损伤和其修复能力的破坏而致皮肤癌，据国外统计，白色人种较有色人种易患皮肤癌，这与皮肤内的黑色素可以保护皮肤免受紫外线损伤有关，地球上空臭氧层变薄，形成臭氧洞，导致过多紫外线照射，可造成皮肤癌患者的增加。
2.过量放射线照射 在慢性皮炎的基础上，受到过量的放射线照射，可诱使皮肤发生癌变，Anderson(1951)和Traenkle(1964)发现本病往往在慢性放射性皮炎的基础上发生，他们报道放射线工作者因长期少量X线接触而发生的放射性皮炎处产生基癌，Sarkany(1968)发现扁平苔藓和脊椎炎患者因照射X线而在背部皮肤上发生多发性基底细胞癌和恶变前纤维上皮瘤，潜伏期为11～28年，照射的剂量为154.8～2 289.8mC/kg(600～8875Rad)。
3.化学物质刺激 长期接触无机砷(如复方亚砷酸钾溶液)或饮用含砷较高的饮水或食物等易患基底细胞癌，1963年Shu等统计，台湾在含砷较高地区基底细胞癌的发生率约占11%，由砷引起的皮肤癌，好发于身体的非暴露部位和手掌，并通常是多发性的。
4.物理性因素 皮肤癌亦可在不稳定的萎缩性烧伤后瘢痕上出现，慢性溃疡或窦道，慢性肉芽肿，慢性骨髓炎，上皮瘤样增生，寻常狼疮，扁平苔藓，麻风等经久不愈，在10余年或数十年后亦可能发生癌变，偶见单纯性创伤如种痘处发病者。
5.其他因素 某些错构瘤如皮脂腺痣，乳头状汗管囊腺瘤以及恶变前纤维上皮瘤易发生基底细胞癌，甚至皮肤纤维瘤上方的表皮亦可发生基底细胞癌。
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