由于贲门的解剖特点，犹如一条河流的入海处，食管就是河，而贲门远方的胃腔即为海，贲门通道越走越宽，因此不似食管发生癌后很容易产生梗阻，贲门区的癌初起时体积小，不易造成梗阻，如果出现吞咽困难，癌瘤必定已经相当进展，故早期贲门癌病人缺乏明确的特征性症状，贲门癌的症状包括上腹部不适，轻度食后饱胀，消化不良，或心窝部隐痛等，都易与消化性溃疡症状相混淆，引不起病人的重视，一直到吞咽困难加重，始促使病人就医。
贲门癌另一始发症状是上消化道出血，表现为呕血或柏油便，出血严重者可伴有虚脱或休克，或表现为重度贫血，此情况的发生率约占病人的5%，由于缺乏哽噎症状，病人易被误诊为消化性溃疡出血，并被腹部外科医师进行了手术，也正是因为多数系急诊手术，各方面准备不够充分，这类病人手术并发症的发生率和死亡率都较高，疗效不良，晚期病例除了吞咽困难，还可出现上腹和腰背的持续隐痛，表明癌瘤已累及胰腺等腹膜后组织，是为手术禁忌证。
早期贲门癌病人并无阳性体征，中晚期病人可见贫血貌，低蛋白血症，消瘦，脱水或低蛋白性水肿，如果腹部出现包块，肝大，腹水征，盆腔肿物(肛门指诊)，都不适合手术治疗。
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