细菌性肝脓肿是由化脓性细菌引起的肝内化脓性感染，亦称化脓性肝脓肿，肝脏由于接受肝动脉和门静脉的双重血液供应，并通过胆道丰富的血供和单核-巨噬细胞系统强大的吞噬作用，可以杀灭入侵的细菌并阻止其生长，因而细菌性肝脓肿并不经常发生，当人体抵抗力弱时，入侵的化脓性细菌会引起肝脏感染而形成脓肿，引起细菌性肝脓肿最常见的致病菌在成人为大肠埃希杆菌，变形杆菌，铜绿假单胞菌，在儿童为金黄色葡萄球菌和链球菌，而Friedländer肺炎杆菌等则次之，病原菌进入肝脏，可经由下列途径：
1.胆道系统
此为我国患者目前最重要的感染途径，在有胆道阻塞和继发感染的病例，如胆总管结石，胆道蛔虫或华支睾吸虫病等并发急性化脓性胆总管炎者，细菌可沿胆道上行，感染肝脏而形成肝脓肿。
2.门静脉系统
腹腔感染(如坏疽性阑尾炎，化脓性盆腔炎等)，肠道感染(如溃疡性肠炎，菌痢等)，痔核感染等可引起门静脉属支的血栓性静脉炎，其脓毒性的栓子脱落后可沿门静脉系统进入肝脏，引起肝脓肿，由于抗生素的广泛应用，此途径的感染已少见。
3.淋巴系统 肝脏的邻接部位如有化脓性病灶如胆囊炎，膈下脓肿及胃，十二指肠穿孔等，细菌可经淋巴系统侵入肝脏。
4.血液感染
体内任何部位的化脓性感染，如上呼吸道感染，急性骨髓炎，亚急性心内膜炎，疖和痈等并发菌血症时，病原菌可由肝动脉入肝。
5.直接侵入
当肝脏有开放性损伤时，细菌可经由创口直接侵入，有时肝脏的闭合性损伤形成肝脏的被膜下血肿后，肝脏内原有的细菌可使血肿转化为脓肿。
6.其他原因不明的方式
不少肝脓肿并无明显原因，如隐匿性肝脓肿，可能体内存在某种感染性病灶，当机体抵抗力减弱时，偶然的菌血症引起了肝脏的炎症和脓肿，有报道指出，隐匿性肝脓肿中25%伴有糖尿病。
由于近年来抗生素广泛而有效的应用及手术治疗的进步，使原属于其他腹腔感染引起的细菌性肝脓肿的病例已少见，北京协和医院比较早年及近10年的细菌性肝脓肿病例，胆系结石和肿瘤成为最主要致病原因，糖尿病患者易并发本病(8.3%)，细菌培养阴性的病例有所增加(52.1%)，目前，胆源性肝脓肿约占半数或更多，合并结石或癌性胆道梗阻者更易发生，胆道蛔虫引起者在一些基层单位仍有报道。
至于所谓的不明原因的肝脓肿，推测最可能是由原发病灶不明显的菌血症所致;轻度的肝损伤或缺血亦有可能为其直接的诱因，糖尿病也是产生细菌性肝脓肿的诱因，有时肝脓肿的细菌培养结果为阴性，不排除由于对厌氧菌的培养技术不适当所致。
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