多发型和单发型毛发上皮瘤病理结构相同，位于真皮的肿瘤由许多基底样细胞团索组成，在周边的基底样细胞排成栅栏状，中央排列为网状为筛状结构，团块外围有明显的纤维性间质包绕，肿瘤内含多个角囊肿，中心充满完全角化物质，囊肿周围可有钙沉积，染色深蓝，如角囊肿破裂，间质内可出现异物巨细胞反应。
组织病理：多发性毛发上皮瘤皮损的界限鲜明，角囊肿为组织学上最特殊的特征，由完全角化的中心及其周围嗜碱性粒细胞组成，后者的形态与基底细胞上皮瘤中的细胞一样，角化骤然,完全不像鳞状细胞癌角化珠中逐渐和不完全角化，一个或数层具有嗜酸性胞浆和大而卵圆形的淡水疱状核的细胞，常见于嗜碱性粒细胞和角质囊肿之间，此瘤的第2个主要成分为瘤岛，由与基底样细胞瘤一样的嗜碱性粒细胞构成，常排列成花边样或腺样网状结构，偶或聚集成实性团块，这些瘤岛周围细胞排列成栅状，并由含有中等量成纤维细胞的间质细胞包绕，单发性毛发上皮瘤，只用于显示向毛发结构高度分化的损害，向毛发结构分化相当低的单发性损害，最好归类于角化性基底细胞癌，因此够条件诊断为单发性毛发上皮瘤的皮损，应既有很多角质囊肿，也有顿挫性毛乳头，并见仅在少数区域出现基底细胞癌。
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