致病性自生生活阿米巴为单细胞结构的原虫，广泛存在于自然环境中，如淡水，咸水，泥土，空气中的灰尘，污物，腐败植物及人畜粪便中，在浴盆，空气过滤器，水冷却塔，角膜接触镜，镜盒护理液中也曾分离出阿米巴，致病性自生生活阿米巴不仅可以在自然界自生生活，而且可在温血宿主体内发育增殖，故又称为两栖型生物，属兼性寄生虫。
1.棘阿米巴属
多见于受粪便污染的土壤或水源中，有滋养体期和包囊期，滋养体是棘阿米巴的活动与感染形式，为长椭圆形，直径为15～45µm，在适宜环境下表面伸出许多棘状突起，称为棘状伪足，棘阿米巴通常依靠细菌等微生物为食物，以二分裂方式进行繁殖，繁殖周期平均约为10h(6～24h)，当环境条件不适宜时，滋养体变小，分泌生成厚的双层囊壁，形成包囊。
包囊呈类圆形，直径为10～25µm，内壁光滑为多边形，外壁常呈皱缩状，内外壁相接处形成棘孔，是包囊代谢的通道，包囊对外界环境的抵抗力极强，对一般抗菌药物，氯化物，化学消毒剂等均不敏感，在自然环境下甚至 可以生存数年，包囊可以在空气中飘浮，从无症状个体的鼻咽部曾经分离出过包囊，当环境条件适宜，尤其养料充足时，3天内包囊即脱囊转变成滋养体。
棘阿米巴原虫以往被认为非致病性的原虫，直至1958年人们发现棘阿米巴可以导致动物的致命性感染，现已证实棘阿米巴可以引起人类少见的肉芽肿性脑膜脑炎和角膜炎。
目前已经发现的棘阿米巴有25个种，其中至少有8个种(A.castellanii，A.culbertsoni，A.hatchetti，A.lugdunensis，A.polyphaga，A.quina，A.rhysodes，A.griffini)可导致人类的角膜炎。
2.耐格里属
福氏耐格里原虫多滋生于淡水中，也可引起人类角膜感染，活动的滋养体为长阿米巴形，7µm×20µm大小，一端有较大的伪足，在不适宜的环境中滋养体可变为有两根，甚至两根以上鞭毛的鞭毛型，也可变成包囊，鞭毛型不分裂，也不形成包囊，福氏耐格里原虫的包囊较小，直径为9µm，囊壁光滑有孔，在适宜的条件下，鞭毛型和包囊均可转变为滋养体。
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