1.神经系统 神经系统并发症是早期传染性单核细胞增多症死亡的首要因素，被波及时主要表现为急性脑膜炎，神经根炎，脑干脑炎等，其发生率约1%，通常发生于起病后1～3周;临床表现为头痛，眩晕，失眠，惊厥，昏迷，偏瘫，脑膜刺激征等，偶可出现急性小脑综合征，横贯性脊髓炎，表现为言语不清，眼球震颤，步态蹒跚，共济失调，截瘫等，出现神经系统并发症的虽病情较重，但大多数患者可完全恢复，且很少留后遗症。
传染性单核细胞增多症偶可因抑制免疫而激活潜在的麻疹病毒，导致亚急性硬化性全脑炎(SSPE)。
2.呼吸系统 约占5%，主要为肺门淋巴结肿大和肺部出现斑点状阴影，少数伴胸腔积液，患者可出现干咳，抗菌药物治疗无效，病理变化与其他病毒性肺炎相似，一般在1～4周内自行消退。
3.心血管系统 并发心肌炎时心电图示T倒置，低平及P-R间闭期延长，并可致猝死，尸检发现心肌纤维呈严重坏死性炎症改变。
4.肾 可累及肾实质与间质，急性肾炎的发生率可高达13%，临床表现似一般肾炎，主要表现为迅速出现的水肿，尿中出现蛋白，颗粒管型和细胞管型，尚可引起一过性尿素氮，肌酸酐升高，但急性肾功能衰竭罕见，肾脏病变一般可逆，预后良好。
5.腮腺肿大 多见于病程1周左右，为双侧性，伴中度压痛，不化脓，约1周消退，其他并发症尚有胃肠道出血，心包炎，溶血性贫血，粒细胞缺乏症，血小板减少症，继发感染，脾破裂等。
6.其他 约30%患者可并发咽峡部溶血性链球菌感染，脾破裂发生率约0.2%，通常多见于疾病的10～21天内，约6%的患者并发心肌炎。
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