丙酸血症发病大多较早，以高蛋白饮食后反复发作的酮症酸中毒，发育迟缓，EEG异常和骨质疏松症为特征，在新生儿期出现严重酸中毒，表现为拒食，呕吐，嗜睡和肌张力低下，脱水，惊厥，肝大亦较常见，部分病例发病较晚，表现为急性脑病，或发作性酮症酸中毒，虽有严重酸中毒但对碱替代治疗反应缓慢，可有一过性中性白细胞减少和血小板减少症，本病神经系统症状以发育迟缓，惊厥，脑萎缩和EEG异常为主要特征，其他包括肌张力异常，严重舞蹈症和锥体系症状，尤多见于存活较长的病人，晚发者可以舞蹈症和痴呆为首发症状。
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