临床症状随性别不同而差别很大，由于胚胎学差异，男性异位输尿管多开口于膀胱颈，前列腺，精囊，附睾和输精管，均位于尿道外括约肌以上，所以一般以泌尿系感染症状为主，如便秘，耻骨后疼痛，射精不适等，亦可伴尿急，尿频，偶以不育就诊但罕有尿失禁，就女性而言，最常见开口部位为前庭，亦可位于阴道上段，子宫，卵巢，由于异位开口多位于尿道外括约肌远端，常表现为正常排尿后的持续性尿失禁，女性异位输尿管开口的另一特征表现为持续存在的阴道分泌物，大部分女性患者合并急慢性泌尿系感染，少数表现为肾盂及输尿管积水，偶有以腹部包块就诊者。
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