肛门流脓，瘙痒，疼痛。可在肛门附近摸到一个表皮凸起。可并有全身症状，如发热、贫血、消瘦和饮食不振等。急性期时的脓疡患者多主诉肛门疼痛，出现红肿热等发炎症状，若形成廔管，则多主诉肛门处有脓性分泌物及肛门结节。正常人体构造都有七或八个肛门腺体，这些肛门腺体在人体并无作用，肛门腺体的开口就位于肛门口约一点五公分处所谓齿状线的位置，这些肛门腺体的感染早期会形成脓疡，有些会自动破裂，或经由医师切开引流而改善。等发炎改善后，有些会形成硬痂，有些会出现类似血水分泌物之外在开口，此时便形成所谓的“肛门廔管”。
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