肝外胆管结石，可原发于胆管系统，也可从胆囊排出至胆管的。大多数胆管结石病人都有在进油脂食后、体位改变后胆绞痛，这是因为结石在胆管内向下移动，刺激胆管痉挛，同时阻塞胆汁流过所致。腹痛多发生在剑突下和右上腹部，阵发性剧烈刀割样绞痛，常向右后肩背部放射，同时有恶心、呕吐等消化道症状。
如果胆管内结石不能顺利的排入肠道，继续阻塞胆管，将会导致胆管内的炎症感染。同时胆管内压升高，胆道内的细菌将会逆行扩散，致病菌和毒素通过肝窦到肝静脉中，再向上逆行进入体循环内引起全身感染中毒症状，如寒战和高热等等。如果胆道被结石完全阻塞，则既有可能发生急性化脓性胆管炎，这是一种非常危险的疾病，如果治疗不及时，将会导致患者在短期内死亡。由于胆汁不能流入肠道，从而会在梗阻1～2日后出现黄痘、尿色变黄、便色变迁发白。这种梗阻性黄疽如长期未愈，会带来慢性胆汁淤积性肝硬变，最终还会出现门静脉高压症。
许多肝外胆管结石病人的绞痛和黄疽常在发作一周左右缓解，这是因为结石阻塞胆管后胆管扩张，使嵌塞的结石能够有所松动，或是排入肠道。但是如果不能彻底解决患者产生结石的内在原因，如胆道感染、胆道狭窄、胆道畸形等等，在不久上述症状仍复发。
患者的剑突下和右上腹部深压痛，有时右上腹部也会触及肿大的胆囊。
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