早期若出现肺血过多，可通过增加肺血管阻力和压力以减少肺血流量。若发现为重建的肺总动脉口径过大所致的肺血过多，则可施行肺动脉环扎术。若出现肺血过少，则给予纯氧过度通气，降低二氧化碳分压要求在4.0kPa(30mmHg)以下，促使肺血管舒张，阻力下降，肾上腺素药物能增加体循环阻力，从而增加肺循环分流比率，使肺血增加。但若体循环阻力小于8.67kPa(65mmHg)，而二氧化碳分压小于2.67～3.33kPa(20～25mmHg)，则为吻合口过小，保守治疗预后较差，术后半年常规复查并进行心导管检查，若发现房间隔缺损过小或主动脉口狭窄，可再施行球囊导管扩张术。
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