多在鼻窦X线拍片检查中偶然发现，或在上颌窦穿刺时滴出黄色液体而明确，或在上颌窦手术中发现而诊断。反复间隙性鼻内流出黄色液体提示鼻窦粘膜囊肿。
影像学检查X线摄片对其诊断、定位极其重要，尤其是蝶窦囊肿。X线片可显示病窦明显扩大，骨壁吸收变薄、隆起，呈圆形阴影，其边缘光滑，围以骨质反应白线。窦壁骨质可有疏松改变，或为压迫性吸收、缺损，但无浸润性破性。额、筛窦囊肿多见眶缘、额窦后壁缺损。疑有蝶窦囊肿时，宜摄取侧位X线片，或断层摄片。CT及MRI可清晰显示囊肿的大小、范围及骨质破坏的程度。
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