抗病力及免疫功能低下，菌群失调事重要原因。
广谱抗生素应用之后，特别是林可霉素，氯林可霉素，氨基苄青霉素，羟氨苄青霉素等的应用，抑制了肠道内的正常菌群，使难辨梭状芽孢杆菌得以迅速繁殖并产生毒素而致病，本病也可发生于手术后，特别是胃肠道癌肿手术后，以及其他有严重疾病如肠梗阻，恶性肿瘤，尿毒症，糖尿病，心力衰竭，败血症等患者，这些病例一般抗病能力和免疫能力极度低下，或因病情需要而接受抗生素治疗，机体的内环境发生变化，肠道菌群失调，有利于难辨梭状芽胞杆菌繁殖而致病。
难辨梭状芽孢杆菌及其毒素为本病致病因素，但粪中毒素的效价高低与病情的轻重并不平行，由此说明该菌毒素并非影响疾病严重程度的唯一因素。
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