1、粪便检查：为确诊的重要依据。典型阿米巴痢疾的粪便呈暗红色果酱样，有特殊的腥臭，粪质较多，含血及黏液。镜检可见大量黏液成团的红细胞和少量白细胞，有时可见活动的、吞噬红细胞的滋养体和夏-雷(Charcot-Leyden)晶体。慢性患者的成形粪便中一般只能检得包囊，可采用硫酸锌离心浮聚法或汞碘醛离心沉淀法或硅石胶态悬浮液(商品名percoll)梯度分离法浓集后，再作碘染色检查包囊，可提高其阳性检出率。粪便标本分离培养原虫，常用Robinson培养基，对亚急性或慢性病例检出率比较高，因其要求条件较高，目前尚不能作为医院诊断的常规检查。检查阿米巴原虫时，应从虫体大小、核的数量、伪足形状及运动方式等方面和其他肠道非致病性原虫，如结肠内阿米巴、哈氏内阿米巴相鉴别。必要时可将包囊或滋养体染色，根据核的结构及拟染色体、糖原泡等加以鉴别。目前已有多种方法可将溶组织内阿米巴与迪斯帕内阿米巴相鉴别，主要包括同工酶分析、酶联免疫吸附试验和PCR法分析。以溶组织内阿米巴表面分子量为 260×103Gal/GalNAC凝集素作为靶抗原，以单克隆抗体检测，其在血和粪便中的敏感性和特异性达88%和99%，这种方法目前欧美已有试剂盒出售。PCR法可直接从DNA水平鉴别出两种内阿米巴，其中以检测编码分子量为29×103/30×103多胱氨酸抗原的基因最为特异和可行。据称可直接从粪便PCR法鉴别出两种内阿米巴。
2、血清学检查：应用阿米巴纯抗原可以作多种免疫血清学诊断试验。无症状排包囊者抗体检测为阴性，体内有侵袭性病变时才有抗体形成。检测方法有间接血凝(IHA)、间接免疫荧光抗体(IFA)、琼脂扩散法(AGD)及酶联免疫吸附试验 (ELISA)等。阿米巴痢疾阳性率可达60%～80%，这种抗体在治疗后可持续存在2～10年，而ELISA抗体滴度在患病后几个月内即可转阴，表明一旦抗体阳性提示急性感染。另外 IFA法检测一般在痊愈后半年至1年，其抗体滴度可明显下降或转阴，也可作为诊断手段。目前已应用重组抗原检测抗体，据报道其敏感性和特异性均在90%以上。
3、核酸检测：主要提取脓液或粪便培养物、活检的肠组织及脓血便的DNA，以适当的引物进行扩增反应，目前认为按溶组织内阿米巴编码分子量为29×103/30×103多胱氨酸抗原(又称peroxiredoxin)基因设计的引物最为良好的特异性和敏感性。
X线钡剂灌肠检查：病变部有充盈缺损、痉挛及壅塞现象。
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