先天性因素（65%）
Love和Kernohan在1936年第一次描述了表皮样囊肿为先天性上皮肿瘤。后来研究证实，该肿瘤是在神经管闭合时含有异位上皮细胞而形成的异常生长。Dia和Walker首先提出此为原胚形成胚胎期中的异常变异，在胚胎发育中的第三至第四周中继发干扰了神经管闭合。
外伤（25%）
因为腰椎穿刺术(lumbar puncture)是神经科临床常用的检查方法之一，对神经系统疾病的诊断和治疗有重要价值、简便易行，亦比较安全;但如适应症掌握不当，则可引起并发症。1954年Choremis注意到腰穿后产生表皮样囊肿，从而支持了外伤起因的学说。
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