病原菌多为溶血性链球菌及其他化脓性链球菌，与溶血性链球菌带菌者接触是发病的主要原因，慢性扁桃体炎患者的带菌率很高，约40%为乙型溶血型链球菌，全身及环境因素可为其诱因，如营养不良，过度疲劳，体质衰弱等身体抵抗力或免疫低下者易患此病，通过咳嗽，打喷嚏时飞沫传播或进污染食品后发病，链球菌主要以其毒素及代谢产物危害机体，如链球菌溶血素O及S，红斑毒素，链激酶，透明质酸酶及若干蛋白酶等，有的能直接破坏扁桃体组织的防御力，使病变容易扩散，或通过变态反应而引起并发症。
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