真菌性关节炎又称霉菌性关节炎，真菌感染所致肌肉骨骼病变罕见，但致病性和机遇性真菌感染的发生以及新种真菌感染的出现则在增多，特别是免疫抑制病人，慢性演变和诊断迟延都是常有的事。真菌是慢性肉芽肿性关节炎的常见致病因子。各种真菌都可以引起骨关节病变，侵害筋骨系统的最常见真菌是粗球孢子菌(Coccidioide immitis)、荚膜组织胞浆菌(Histoplasma capsulatum)、皮炎芽生菌(Blastomycetes dermatitis)，申氏孢子丝菌(Sporothrix schenckii)和免疫机能障碍者的念珠菌、曲霉、隐球菌和组织胞浆菌等。
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