有典型的Charcot三联征者，特别在过去有胆囊结石病史者，胆总管结石的诊断一般并不困难，但如仅表现为三联征中的1个或2个症状者，诊断常须借助于一些辅助检查方法，对无黄疸的病人可作静脉胆道造影，能显示胆管内结石影和扩张的胆管，而在有黄疸的病人必须与肿瘤或肝内胆汁郁积症所致的梗阻性黄疸，以及肝病或肝炎等所致的肝细胞性黄疸作鉴别，在肿瘤(如胰头癌或壶腹癌)阻塞胆管时，黄疸一般呈现进行性加深，体检时常可扪及肿大和无压痛的胆囊，并常有恶病质表现，而肝病或肝炎引起的黄疸，一般较淡，并且不伴有腹部绞痛史，肝功能试验常有明显异常，肝内胆汁郁积症一般也无腹痛史，可能有服用特殊药物史，后两种疾病的B超检查均显示囊和胆管无扩张现象，而胆管结石所致的胆管梗阻，除有胆绞痛外，尚有典型的波动性黄疸史，如无感染时，肝功能一般在正常范围内，在诊断困难时，应用PTC，CT，ERCP以及同位素肝胆显象图等检查，常有助于鉴别诊断。
胆总管结石的典型临床表现为胆绞痛，发热，寒战和黄疸，即Charcot三联征，但有不少病人缺乏完整的三联征表现，多数病人有剑突下偏右突发性绞痛，可放射至右肩背部，但亦有少数人可完全无痛，仅感上腹闷胀不适，约2/3的病人继急性腹痛发作后出现寒战和高热，一般继腹痛后12～24小时开始出现黄疸，此时腹痛常已缓解，黄疸一般不很深，并有波动性的特点，有时黄疸也可为少数胆总管结石病人唯一的临床表现，黄疸时常有尿色变深，粪色变浅，以及皮肤瘙痒等，体检时在上腹及右上腹部有压痛和肌紧张，胆囊常不能扪及，在病程较长的病人扪及肿大的肝脏和脾脏，肝脏质地较硬。
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