肺部厌氧菌感染，尤其吸入性肺炎，大多由误吸所致，因此要尽量减少误吸的危险性，当喂食虚弱，意识障碍和吞咽困难的患者时应特别小心，床头适当抬高些，发现肉眼可见的误吸时，应立即迅速体位引流或吸引清除气道内的内容物，必要时用纤维支气管镜，去除大气道的食物残渣，以免阻塞支气管，此外，保持口腔卫生和积极治疗腹腔，盆腔内化脓性感染亦可减少肺部厌氧菌感染的发生。
肺部厌氧菌感染的预后取决于患者的全身状况，感染类型和治疗是否及时，老年，全身衰竭，坏死性肺炎和支气管阻塞均为预后不良的决定因素。
在吸入性肺炎阶段即开始治疗的患者，3～4天即可显示效果，7～10天退热，治疗7～10天后仍持续高热，应行纤维支气管镜检查明确原因和施行引流，如仍无效，则要考虑其他诊断和采用其他抗生素，如发生空洞性损害，常需数月才能吸收闭合，若空洞直径大于6cm，空洞难以闭合，症状亦常在治疗8周后才能消失，如发生脓胸，即使在有效的引流下，亦需平均29天才能退热。
社会获得吸入性肺炎，预后良好，一组报道因厌氧菌肺炎为死亡主因者占4%，为诱因者占7%;而相反，医院获得吸入性肺炎，病死率高达20%，可能与严重的基础疾病以及革兰阴性厌氧杆菌的致病性有关。
肺脓肿的病死率在抗生素应用之前高达34%，仅50%患者存活，目前已降至5%～12%。
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