外源性过敏性肺泡炎病因甚多，常见的有含放线菌和真菌孢子，动植物蛋白质，细菌及其产物，昆虫抗原和某些化学物质等有机尘埃，有些尘埃的抗原性质至今尚未明确，一般认为，农民肺的病因主要是普通高温放线菌，近年来，国内学者相继报道了另一株与农民肺有关的高温放线菌一热吸水链霉菌，在许多抗原中，以嗜热放线菌最为常见和重要，特别是微小多孢子菌，其次是普通高温放线菌，该菌具有真菌的形态，但属于细菌，在潮湿，温热，霉烂的有机物中孳生，堆肥，泥土，食物和污染的水中含大量该菌，农民吸入发霉的干草，谷物和蔗末等常易发病，种植蘑菇的肥料和生产环境的空气中存在较多嗜热放线菌，并以普通高温放线菌为主，种植者吸入可导致蘑菇工肺，禽类饲养者肺（如饲鸽工肺，饲鹦鹉工肺等）是由于鸟血清，鸟粪排泄物，鸟羽粉霜和鸟卵等所引起，有人认为鸽羽毛上的粉霜是一种约1μm大小的角蛋白微粒抗原，其致病作用较鸽血清及排泄物更为重要，另有国内报道的绢纺织工人吸入车间空气中的桑蚕丝粉尘（可能为丝胶蛋白）而引起过敏性肺泡炎，湿化器，空调器肺的病因是白色嗜热放线菌，化学工业中应用颇广的甲苯二异氰化物，邻苯二酸酐等吸入后，其半抗原作用也可能引起过敏性肺泡炎，关于烟草种植者，茶叶种植者病等，其抗原性质尚未完全清楚。
近年来认为外源性过敏性肺泡炎为免疫复合物疾病，Ⅲ型变态反应是其重要机制，也涉及Ⅳ型变态反应，补体系统激活有其重要意义，而激活的肺泡巨噬细胞可能是发病机制的中心环节。
（一）补体介导的Ⅲ型变态反应在已致敏个体再次接触抗原后4～8小时发病，皮内注射抗原后4～6小时可发生Arthus反应，并在反应部位的皮肤标本中发现IgG和补体的沉淀物，多数患者血清中可找到相应抗原的沉淀抗体（属IgG），应用抗原作支气管激发试验可出现与临床外源性过敏性肺泡炎相同的肺功能改变，故本病与补体介导Ⅲ型变态反应有关，免疫复合物具有重要意义。
（二）T淋巴细胞介导的Ⅳ型变态反应近年来注意到Ⅳ型变态反应在本病发病中起重要作用，患者肺组织病理学有干酪性肉芽肿形成，淋巴细胞在体外遇到相应抗原能产生巨噬细胞移动抑制因子（MIF），动物实验发现，将致敏Ｔ淋巴细胞植入实验动物体内，再吸入抗原进行激发，引起与人类外源性过敏性肺泡炎很相似的肺部损伤，在外源性过敏性肺泡炎患者的支气管肺泡灌洗液中亦发现淋巴因子的增高，以上发现均支持Ⅳ型变态反应在本病发病中的作用。
（三）局部巨噬细胞的作用用霉变枯草和微小多孢子菌可直接刺激肺泡巨噬细胞而引起蛋白水解酶释放，裂解C3而释放C3b，后者与巨噬细胞表面的补体受体结合，进一步激活巨噬细胞，继而产生包括肉芽肿形成在内的肺组织病变。
目前倾向于认为外源性过敏性肺泡炎最初由Ⅲ型变态反应介导，尔后转向Ⅳ型变态反应为主，而巨噬细胞激活及由此产生的炎症反应则又可以通过非免疫途径，共同引起肺损伤，但许多细节尚不清楚。
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