脑脓肿的发生率和死亡率仍较高，在抗生素应用前，死亡率高达60～80%，40～70年代由于抗生素应用和诊治方法提高，死亡率降为25～40%，CT应用后，死亡率降低不显著，仍为15～30%，这与本病(特别血源性)早期难被发现，当病人来诊时，脓肿已属晚期，一般手术死亡率与术前病人意识有关，清醒者为10～20%，昏迷者为60～80%，各种疗法都有程度不等的后遗症，如偏瘫，癫痫，视野缺损，失语，精神意识改变，脑积水等，因此，脑脓肿的处理应防重于治，并重视早期诊断和治疗，例如重视对中耳炎，肺部感染及其它原发病灶的根治，以期防患于未然。
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