急性菌痢患儿如呕吐、腹泻严重时,可并发水和电解质紊乱(脱水、酸中毒、低钾、低钠、低钙等).慢性菌痢发生并发症较多,主要是机体营养不良和免疫功能低下所致.最常见的有营养不良及营养不良性水肿,多种维生素与微量元素缺乏,表现为干燥性眼病、营养不良性贫血、佝偻病,严重者可出现脚气病及坏血病.后者在我国已很少见到.肠部溃疡深者可致大量肠出血,腹泻频繁者可致脱肛,用抗生素过久可致肠道菌群紊乱或合并真菌感染.个别严重营养不良患儿肠道溃疡长久不能修复,可发生肠穿孔.
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