主要是谷物，油料或植物储存过程中生霉，未经适当处理即作食料，或是已做好的食物放久发霉变质误食引起，也有的是在制作发酵食品时被有毒真菌污染或误用有毒真菌株，发霉的花生，玉米，大米，小麦，大豆，小米，植物秧秸和黑斑白薯是引起真菌性食物中毒的常见食料，常见的真菌有：曲霉菌如黄曲霉菌，棒曲霉菌，米曲霉菌，赭曲霉菌;青霉菌如毒青霉菌，桔青霉菌，岛青霉菌，纯绿青霉菌;镰刀霉菌如半裸镰刀霉菌，赤霉菌;黑斑病菌如黑色葡萄穗状霉菌等，真菌中毒是因真菌毒素引起，由于大多数真菌毒素不被通常高温破坏，所以真菌污染的食物虽经高温蒸煮，食后仍可中毒。
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