常见并发症有关节炎(12%～27%)，肾小球肾炎(26.5%)，结节性多动脉炎等，应用直接免疫荧光法及电镜检查，发现关节滑膜上有HBV颗粒，血清HBsAg持续阳性的膜性肾小球肾炎患者，肾活检肾小球组织中曾发现有HBcAg沉积，本院对180例肾小球肾炎患者作肾穿刺检查，发现肾内有HBcAg沉积者33例(18.3%)，并发结节性多动脉炎者的病变血管壁上可见HBcAg，IgG，IgM，C3等组成的免疫复合物沉积，少见的并发症有糖尿病，脂肪肝，再生障碍性贫血，多发性神经炎，胸膜炎，心肌炎及心包炎等，其中尤以糖尿病和脂肪肝值得重视，少数患者可后遗肝炎后高胆红素血症。
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