根治性手术切除是治疗间充质软骨肉瘤的主要方法。放疗和(或)化疗是非手术治疗的主要措施，但并无明显肯定的疗效。局部充分的根治性治疗对预防复发和远处转移有重要意义。对能切除的骨盆、胫骨、股骨近端肿瘤可行手术切除加辅助放疗。非手术性治疗尤其是小细胞型肿瘤可行类似于小细胞肉瘤的联合化疗加放疗，对复发的肿瘤联合化疗优于单剂量化疗。
预后
间充质性软骨肉瘤预后较差，随访20年以上，仍可发生局部复发和远处转移，据统计73.9%的病例，于最初诊断后6个月至23年内死亡(平均6.7年)，其5年生存率为54.6%，10年生存率为27.3%，Huvos等报道其10年生存率为28%。
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