发病原因（45%）：
肾钙乳是由许多直径为0.2～0.5 mm的微细的含钙颗粒呈混悬状态存留于肾盏憩室，肾囊肿或积水的肾盏内所形成的混悬液，梗阻和炎症时，肾单位分泌和重吸收功能障碍，肾盏内尿液逐渐浓缩，使钙和磷酸盐等晶体成分呈饱和状态而沉淀下来，形成钙化颗粒。
发病机制（30%）：
肾钙乳的发病机制目前意见尚不一致，由于钙乳较重，可随体位变化而沉积于位置较低处，少数病例钙微粒中掺杂一些较粗的颗粒，可堆集成团，钙乳进入输尿管多能自行排出，偶有堵塞输尿管，引起类似输尿管结石的症状。
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